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; 2002年，源渡和冬月为了调查第二次浩劫的起因前往南极。国联正式发表公告，称2000年9月13 日的世界规模的大灾害，是由于有超光速数倍的大质量陨石，冲击南极大陆所引致，其破害性相当于40亿年前的地球与小行星的撞击。但对于造成第二次浩劫真正的原因，却无人知晓。现实毕竟难以掩盖，在专家圈内，流传着一些保留下来的照片，在冲击造成的光影中，有一个巨人般的影像。也有在南极等地的幸存者称，在冲击波浪的中心，有数对巨大的翅膀。因第二次浩劫受到惊吓而陷入自闭状态的葛城美里，被国联保护。
2003年，国联完成了对南极的调查，根据调查结果设立了位于箱根的人工进化研究所（就是后来的NERV）。冬月首次探访人工进化研究所，之后开始协助源堂。在人工进化研究所的地下有个广大的球形巨大空洞，而NERV本部就利用这个空洞而建造。表面上是开始对南极事故（亚当）的研究。实际上则是Seele开始三大计划，即人类补完计划、E计划和Adam计划。
亚当计划：复原原始形态的亚当的计划。虽然也可以说是为了制造EVA（E计划）才复原的亚当，但Seele的赎罪仪式也有使用亚当来进行的计划（用渚熏）。而碇源渡为了自己的计划，也曾利用过亚当。
E 计划：为了消灭使徒并进行仪式，按照计划需要至少12台EVA。在当亚当计划开始之前是使用莉莉丝来制造EVA，但是在亚当再生计划开始后，二号机以后的EVA都是从亚当制造而来。（随二号机来日本的，就是加持所带来的亚当）
这两个计划对于人类补完计划都是必须的，原本亚当计划和E计划是一个概念，但是后来逐渐分开了。
此时，E计划始动，零号机也开始建造了。
2004年，进行了EVA启动实验，在幼小的真嗣面前，发生了事故，真嗣的母亲碇唯在实验中消失，拯救计划失败。同时二号机的实验也失败了，明日香母亲神经错乱。（实际上是，碇唯的灵魂融于初号机，明日香母亲的部分灵魂融入二号机）自从碇唯的事件以后，没多久，源堂决定转移实行自己的“人类补完计划”（在这之前的他们，其目的只是实行E计划而已）。
2005年，葛城美里和赤木律子在长野县第2新东京市的第2东京大学内相识，之后加持良介和美里相识。没多久，加持和美里开始同居。与此同时，第3新东京市开始建设。
2007年，美里和加持分手。
2008年，赤木直子（赤木律子的妈妈）博士完成了MAGI（生物电脑，人工智能计算机，NERV的主系统）的基础理论。跟随着母亲，律子也加入研究所，成为主要执行人。
2009年，葛城美里加入研究所。
2010年，NERV的中枢电脑MAGI完成的当日，开发者赤木直子在掐死第一个绫波丽后自杀。人工进化研究所经过改编，成为了新的秘密组织NERV。
2014年，第二个绫波丽转学进入第3 新东京市第一中学校内。（这个中学实际上是碇源渡暗自安排的EVA驾驶员的候补队，后来真面目被加持调查发现）
2015年，使徒袭来！从第二次浩后经过了15年，人类总算能重新繁荣来。EVA已有3台可以实际使用了，而后也发现了三位14岁的少男少女可以担任EVA的驾驶员，人们不得不把未来的希望寄望在他们身上。面对重现的使徒们，肩上背负着人类存亡如此重大命运的少年们的战争现在开始了。（TV第一集）
【5、各方势力最终目的】
①Seele（在德语中是“灵魂”之意），迷之宗教组织，NERV的上级，神秘并有很大权利，能调用世界上很多资金，甚至可以干涉联合国事务，手中有”死海文书”，背后操纵整个人类。最终目的是实施“人类补完计划”：（核心理念是“自我赎罪”）
根据人类的起源（恶魔的子嗣），Seele认为现在的人类是罪恶的，让人类都变橙汁（LCL之海，是一个没有AT力场的世界。在这个世界，人类的意识无分彼此，所有人的灵魂都栖息于由莉莉斯的血构成的巨大海洋之内），这个过程也正是向上帝赎罪。而且人类并不是单纯的灭亡，而是转化成新的形态，所有人合而为一，成为单一生命体。与其说是让人类灭亡，倒不如说是让人类重生。
人类（无论是肉体还是心灵）都是由脆弱的物质构成的，非常容易受到伤害，而在人与人之间，心灵的世界是彼此隔绝的，要使人类向更高的领域进化，就必须使人的心灵摆脱躯体的束缚，重新回到人类的诞生之地“莉莉丝之卵”中。唯有如此，才能最终拆除人与人之间的心灵屏障，使不同的心灵世界能够相互补充，走向进化的终点——引领人类回归原始。人类补完计划就是为了实现这个神圣目的而创立的。不过当然，Seele实施“人类补完计划”的原因并不是想成为神，也不是让人类进化，而是赎罪——向神低头。
这种感觉就像是《三体：死神永生》里的终极神级文明：“归零者”的目的——让整个宇宙重启，恢复10维世界。就像是《玲音》里的物联网终极形态——所有人都是相连的，地球（人类）作为一个整体会产生意识。就像《攻壳机动队》第二季结尾的意识上传到网络上，完成人类的进化。大概就是这种感觉，想一想补完之后的世界，还有点小激动。
这里引用结尾的大白绫波丽（莉莉丝）的台词：“没有人痛苦，没有人悲伤，没有战乱，没有纷争，没有饥饿，没有寒冷，没有支配，没有服从，没有了AT field，失去了自身形态的世界，何为自己，何为他人，模棱两可的世界，自己无处不在，同时又不存在于任何地方（类似量子态？），脆弱的世界，一切都不复存在的——幸福的世界。”
②碇源渡的目的：最开始的目的很可能是自己成为神，也可以说是创造神（真是够野心），和碇唯交往只是为了接近她背后的Seele。在形式上，他虽然是受人类补完委员会和Seele的指示在指挥NERV，但是在暗中他有着自己的成神计划。当碇唯的初号机事故发生后，老碇明白了失去了才懂得珍惜的道理，他发现自己失去碇唯的同时爱上了碇唯，所以老碇最终目的是自己成为神，和碇唯再相会（真是够浪漫）。
③使徒的目的：自己去碰触（回归）亚当引发第三次冲击毁灭罪恶的人类，因为他们是亚当的后代，可以看作拥有亚当的灵魂。使徒不在乎什么人类补完。
④这里有一个隐藏的目的，就是碇唯的目的（也可能是老碇最开始的目的）：碇唯看清了Seele，也看清了老碇，她赞成Seele的表面目的——为了防止第三次冲击，但绝不赞成人类补完计划。她加入Seele其实是为了防止第三次冲击的发生，及研究如何用上EVA的技术，让真嗣（也可以说是全人类）活下来，人类得到“永生”，永远在宇宙中生存下去，留下人类在宇宙中活过的证明。冬月最终也没告诉老碇当年碇唯事故的真相——碇唯是以自己的意志留在EVA里的。
⑤普通人类的目的：作为不明真相的围观群众莫名其妙遭遇天灾（第二次冲击），灾后重建万物复苏生机盎然的时候又遭遇怪物入侵，打到怪物保卫世界和平人人有责。
这里要说明的是：剧中各方势力的具体计划以及导致的结果还有人类补完计划具体的过程或者触发第三次冲击的前提都没有直接给出，都是被推导出来的，线索还零碎稀少，难免有的地方会和大家的理解有所出入，分析过程枯燥绕口，故在此省略，直接给大家看结果。
先说一下第三次冲击的触发条件，也是各方势力的具体计划：
①使徒的灵魂和亚当的肉体的结合（使徒回归Adam，使徒希望的），有三种不同的使徒灵魂：绫波丽（受控制的莉莉丝灵魂）、使徒（亚当灵魂）和渚薰（受控制的亚当灵魂）。
②量产机型与完整的Lilith举行处死仪式。（人类回归Lilith，Seele希望的）
③量产机型与初号机举行处死仪式。（人类回归Lilith，Seele希望的）
④Adam与完整的Lilith禁忌融合。（人类不灭，EVA成神，老碇造神，老碇希望的）
普遍认为处死仪式是必须的，但并不是触发第三次冲击的关键。（处死仪式一看就是来自《圣经》中的耶稣之死，耶稣是神之子，真嗣也是。按照基督教的传说，要把人类从原罪中解救出来，需要将神之子钉在生命之树做的十字架上。血流向大地后，人类就可以偿还当初犯下的原罪。所以对应后来真嗣和初号机发动第三次冲击的仪式看出——初号机被刺入隆基努斯枪，化身生命之树。）
剧中的战斗过程不再赘述，有特点的战斗后面有分析，这里说一下比较重要的几点：
在渚熏出现之前，Seele虽然看老碇不爽，而且越来越怀疑他，但是和NERV依然是合作关系，都是为了打倒之前的使徒，不能让使徒的灵魂碰到亚当的肉体。
渚熏是Seele派来的使徒，说明此时Seele已经发现了老碇的背叛，宁可要触发条件①，也不能让老碇成神。因为Seele的核心价值观是”赎罪”，宁可下下策计划①导致人类灭绝也不能让老碇的大逆不道成功。
但是老碇有3件重要的事一直瞒着Seele：
（1）他偷换了亚当的肉体，囚禁在最终教条区的莉莉丝肉体被误认为亚当的肉体（使徒也被忽悠了）。真正的亚当肉体已经被微缩成胚胎被碇源渡移植到右手。（漫画中是老碇吞了亚当，亚当出现在了老碇的左手，这里的左手当然是隐喻恶魔之手）
（2）加持良治是老碇派到Seele的间谍，又被Seele信任派到NERV当间谍，亚当就是加持带给老碇的，对加持良治的利用也是碇源渡能瞒天过海的关键。
（3）他偷偷复制了Adam计划，创造了没有灵魂的EVA零号机。然而没有灵魂同步，EVA便无法使用，没有驾驶员怎么办，老碇的办法是用碇唯的DNA创造了没有灵魂的容器，之后放入莉莉丝的灵魂——绫波丽诞生了。绫波丽存在的目的除了驾驶EVA，还有就是为了以后的禁忌融合。
渚熏到了最终教条区发现原来亚当被换成了莉莉丝，并且由于渚熏的选择自由（也就是选择死亡），所以最后计划①被淘汰掉了。于是Seele决定亲手执行计划，开始进攻NERV基地。
其实Seele最初的计划是用Lilith完成处死仪式，也就是上面的计划②。而仪式需要朗基奴斯之枪，但是老碇利用消灭鸟使徒（就是会精神攻击的那个）的借口由零号机把朗基奴斯之枪扔到了月球轨道上。所以Seele启动了备用方案，利用Lilith的复制品——初号机和搭载S2机关的EVA量产型执行补完仪式，也就是计划③。（后来朗基努斯之枪被Seele回收并造出了复制品）
……
作者：知乎@二蛋（已授权转载）
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; 2002年，源渡和冬月为了调查第二次浩劫的起因前往南极。国联正式发表公告，称2000年9月13 日的世界规模的大灾害，是由于有超光速数倍的大质量陨石，冲击南极大陆所引致，其破害性相当于40亿年前的地球与小行星的撞击。但对于造成第二次浩劫真正的原因，却无人知晓。现实毕竟难以掩盖，在专家圈内，流传着一些保留下来的照片，在冲击造成的光影中，有一个巨人般的影像。也有在南极等地的幸存者称，在冲击波浪的中心，有数对巨大的翅膀。因第二次浩劫受到惊吓而陷入自闭状态的葛城美里，被国联保护。
2003年，国联完成了对南极的调查，根据调查结果设立了位于箱根的人工进化研究所（就是后来的NERV）。冬月首次探访人工进化研究所，之后开始协助源堂。在人工进化研究所的地下有个广大的球形巨大空洞，而NERV本部就利用这个空洞而建造。表面上是开始对南极事故（亚当）的研究。实际上则是Seele开始三大计划，即人类补完计划、E计划和Adam计划。
亚当计划：复原原始形态的亚当的计划。虽然也可以说是为了制造EVA（E计划）才复原的亚当，但Seele的赎罪仪式也有使用亚当来进行的计划（用渚熏）。而碇源渡为了自己的计划，也曾利用过亚当。
E 计划：为了消灭使徒并进行仪式，按照计划需要至少12台EVA。在当亚当计划开始之前是使用莉莉丝来制造EVA，但是在亚当再生计划开始后，二号机以后的EVA都是从亚当制造而来。（随二号机来日本的，就是加持所带来的亚当）
这两个计划对于人类补完计划都是必须的，原本亚当计划和E计划是一个概念，但是后来逐渐分开了。
此时，E计划始动，零号机也开始建造了。
2004年，进行了EVA启动实验，在幼小的真嗣面前，发生了事故，真嗣的母亲碇唯在实验中消失，拯救计划失败。同时二号机的实验也失败了，明日香母亲神经错乱。（实际上是，碇唯的灵魂融于初号机，明日香母亲的部分灵魂融入二号机）自从碇唯的事件以后，没多久，源堂决定转移实行自己的“人类补完计划”（在这之前的他们，其目的只是实行E计划而已）。
2005年，葛城美里和赤木律子在长野县第2新东京市的第2东京大学内相识，之后加持良介和美里相识。没多久，加持和美里开始同居。与此同时，第3新东京市开始建设。
2007年，美里和加持分手。
2008年，赤木直子（赤木律子的妈妈）博士完成了MAGI（生物电脑，人工智能计算机，NERV的主系统）的基础理论。跟随着母亲，律子也加入研究所，成为主要执行人。
2009年，葛城美里加入研究所。
2010年，NERV的中枢电脑MAGI完成的当日，开发者赤木直子在掐死第一个绫波丽后自杀。人工进化研究所经过改编，成为了新的秘密组织NERV。
2014年，第二个绫波丽转学进入第3 新东京市第一中学校内。（这个中学实际上是碇源渡暗自安排的EVA驾驶员的候补队，后来真面目被加持调查发现）
2015年，使徒袭来！从第二次浩后经过了15年，人类总算能重新繁荣来。EVA已有3台可以实际使用了，而后也发现了三位14岁的少男少女可以担任EVA的驾驶员，人们不得不把未来的希望寄望在他们身上。面对重现的使徒们，肩上背负着人类存亡如此重大命运的少年们的战争现在开始了。（TV第一集）
【5、各方势力最终目的】
①Seele（在德语中是“灵魂”之意），迷之宗教组织，NERV的上级，神秘并有很大权利，能调用世界上很多资金，甚至可以干涉联合国事务，手中有”死海文书”，背后操纵整个人类。最终目的是实施“人类补完计划”：（核心理念是“自我赎罪”）
根据人类的起源（恶魔的子嗣），Seele认为现在的人类是罪恶的，让人类都变橙汁（LCL之海，是一个没有AT力场的世界。在这个世界，人类的意识无分彼此，所有人的灵魂都栖息于由莉莉斯的血构成的巨大海洋之内），这个过程也正是向上帝赎罪。而且人类并不是单纯的灭亡，而是转化成新的形态，所有人合而为一，成为单一生命体。与其说是让人类灭亡，倒不如说是让人类重生。
人类（无论是肉体还是心灵）都是由脆弱的物质构成的，非常容易受到伤害，而在人与人之间，心灵的世界是彼此隔绝的，要使人类向更高的领域进化，就必须使人的心灵摆脱躯体的束缚，重新回到人类的诞生之地“莉莉丝之卵”中。唯有如此，才能最终拆除人与人之间的心灵屏障，使不同的心灵世界能够相互补充，走向进化的终点——引领人类回归原始。人类补完计划就是为了实现这个神圣目的而创立的。不过当然，Seele实施“人类补完计划”的原因并不是想成为神，也不是让人类进化，而是赎罪——向神低头。
这种感觉就像是《三体：死神永生》里的终极神级文明：“归零者”的目的——让整个宇宙重启，恢复10维世界。就像是《玲音》里的物联网终极形态——所有人都是相连的，地球（人类）作为一个整体会产生意识。就像《攻壳机动队》第二季结尾的意识上传到网络上，完成人类的进化。大概就是这种感觉，想一想补完之后的世界，还有点小激动。
这里引用结尾的大白绫波丽（莉莉丝）的台词：“没有人痛苦，没有人悲伤，没有战乱，没有纷争，没有饥饿，没有寒冷，没有支配，没有服从，没有了AT field，失去了自身形态的世界，何为自己，何为他人，模棱两可的世界，自己无处不在，同时又不存在于任何地方（类似量子态？），脆弱的世界，一切都不复存在的——幸福的世界。”
②碇源渡的目的：最开始的目的很可能是自己成为神，也可以说是创造神（真是够野心），和碇唯交往只是为了接近她背后的Seele。在形式上，他虽然是受人类补完委员会和Seele的指示在指挥NERV，但是在暗中他有着自己的成神计划。当碇唯的初号机事故发生后，老碇明白了失去了才懂得珍惜的道理，他发现自己失去碇唯的同时爱上了碇唯，所以老碇最终目的是自己成为神，和碇唯再相会（真是够浪漫）。
③使徒的目的：自己去碰触（回归）亚当引发第三次冲击毁灭罪恶的人类，因为他们是亚当的后代，可以看作拥有亚当的灵魂。使徒不在乎什么人类补完。
④这里有一个隐藏的目的，就是碇唯的目的（也可能是老碇最开始的目的）：碇唯看清了Seele，也看清了老碇，她赞成Seele的表面目的——为了防止第三次冲击，但绝不赞成人类补完计划。她加入Seele其实是为了防止第三次冲击的发生，及研究如何用上EVA的技术，让真嗣（也可以说是全人类）活下来，人类得到“永生”，永远在宇宙中生存下去，留下人类在宇宙中活过的证明。冬月最终也没告诉老碇当年碇唯事故的真相——碇唯是以自己的意志留在EVA里的。
⑤普通人类的目的：作为不明真相的围观群众莫名其妙遭遇天灾（第二次冲击），灾后重建万物复苏生机盎然的时候又遭遇怪物入侵，打到怪物保卫世界和平人人有责。
这里要说明的是：剧中各方势力的具体计划以及导致的结果还有人类补完计划具体的过程或者触发第三次冲击的前提都没有直接给出，都是被推导出来的，线索还零碎稀少，难免有的地方会和大家的理解有所出入，分析过程枯燥绕口，故在此省略，直接给大家看结果。
先说一下第三次冲击的触发条件，也是各方势力的具体计划：
①使徒的灵魂和亚当的肉体的结合（使徒回归Adam，使徒希望的），有三种不同的使徒灵魂：绫波丽（受控制的莉莉丝灵魂）、使徒（亚当灵魂）和渚薰（受控制的亚当灵魂）。
②量产机型与完整的Lilith举行处死仪式。（人类回归Lilith，Seele希望的）
③量产机型与初号机举行处死仪式。（人类回归Lilith，Seele希望的）
④Adam与完整的Lilith禁忌融合。（人类不灭，EVA成神，老碇造神，老碇希望的）
普遍认为处死仪式是必须的，但并不是触发第三次冲击的关键。（处死仪式一看就是来自《圣经》中的耶稣之死，耶稣是神之子，真嗣也是。按照基督教的传说，要把人类从原罪中解救出来，需要将神之子钉在生命之树做的十字架上。血流向大地后，人类就可以偿还当初犯下的原罪。所以对应后来真嗣和初号机发动第三次冲击的仪式看出——初号机被刺入隆基努斯枪，化身生命之树。）
剧中的战斗过程不再赘述，有特点的战斗后面有分析，这里说一下比较重要的几点：
在渚熏出现之前，Seele虽然看老碇不爽，而且越来越怀疑他，但是和NERV依然是合作关系，都是为了打倒之前的使徒，不能让使徒的灵魂碰到亚当的肉体。
渚熏是Seele派来的使徒，说明此时Seele已经发现了老碇的背叛，宁可要触发条件①，也不能让老碇成神。因为Seele的核心价值观是”赎罪”，宁可下下策计划①导致人类灭绝也不能让老碇的大逆不道成功。
但是老碇有3件重要的事一直瞒着Seele：
（1）他偷换了亚当的肉体，囚禁在最终教条区的莉莉丝肉体被误认为亚当的肉体（使徒也被忽悠了）。真正的亚当肉体已经被微缩成胚胎被碇源渡移植到右手。（漫画中是老碇吞了亚当，亚当出现在了老碇的左手，这里的左手当然是隐喻恶魔之手）
（2）加持良治是老碇派到Seele的间谍，又被Seele信任派到NERV当间谍，亚当就是加持带给老碇的，对加持良治的利用也是碇源渡能瞒天过海的关键。
（3）他偷偷复制了Adam计划，创造了没有灵魂的EVA零号机。然而没有灵魂同步，EVA便无法使用，没有驾驶员怎么办，老碇的办法是用碇唯的DNA创造了没有灵魂的容器，之后放入莉莉丝的灵魂——绫波丽诞生了。绫波丽存在的目的除了驾驶EVA，还有就是为了以后的禁忌融合。
渚熏到了最终教条区发现原来亚当被换成了莉莉丝，并且由于渚熏的选择自由（也就是选择死亡），所以最后计划①被淘汰掉了。于是Seele决定亲手执行计划，开始进攻NERV基地。
其实Seele最初的计划是用Lilith完成处死仪式，也就是上面的计划②。而仪式需要朗基奴斯之枪，但是老碇利用消灭鸟使徒（就是会精神攻击的那个）的借口由零号机把朗基奴斯之枪扔到了月球轨道上。所以Seele启动了备用方案，利用Lilith的复制品——初号机和搭载S2机关的EVA量产型执行补完仪式，也就是计划③。（后来朗基努斯之枪被Seele回收并造出了复制品）
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